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吉尔吉斯斯坦海关总署隶属吉尔吉斯斯坦经济财政部。下设15个海关：除全国7州和比什凯克市设有海关外(楚河州辖区内有托克马克和卡拉巴尔达两个海关)，玛纳斯国际机场和比什凯克自由经济区也分别设有海关机构，此外还有“南方海关”、“北方海关”、“动力海关”和“北方铁路海关”。中、吉边境的两个陆路公路口岸——吐尔尕特口岸和伊尔克什坦口岸，分别位于纳伦海关和奥什海关辖区。
【海关征收的税费】
(1)海关手续费：报关货值的0.15%，进出口商品均须缴纳；
(2)进口关税：按计算方法分为从价税、特种税和混合税三种；
(3)消费税：仅涉及汽油、柴油、烟、酒、贵重饰物等部分商品的进口。税率按每年公布的“消费税税则”执行；
(4)增值税：12%。计算方法为：(报关货值+关税)×12%。缴纳消费税的进口商品无须缴纳增值税。
除上述4个主要税种外，吉尔吉斯斯坦海关还有权征收：
(1)自然人统一关税。主要针对从事“旅游购物”贸易的个体商人。一般以整车为单位计算应纳税额；
(2)货物保管费；
(3)海关押运费；
(4)违反海关规定罚款；
(5)办理知识产权证明手续费；
(6)银行或其他信贷机构在吉尔吉斯斯坦海关总署登记手续费。
【出口退税】根据吉尔吉斯斯坦现行法律规定，出口退税涉及以下两种情况：来料加工产品的复出口(利用进口原料在吉尔吉斯斯坦境内加工后复出口的商品)凭在海关监管部门办理的许可证(办理一次有效期1年)可享受退还原料进口时缴纳的关税和增值税的待遇；利用在本地采购的原材料加工的出口商品，出口时不分商品种类均可享受退还增值税的待遇。
【关税优惠】吉尔吉斯斯坦对包括中国在内的WTO所有成员国、以及与吉尔吉斯斯坦达成有关双边协议的国家给予贸易最惠国待遇；对于产自未与吉尔吉斯斯坦达成相互给予最惠国待遇国家的商品、或未明确原产地的商品，实行加倍征收进口关税的规定；对税则规定为零关税的商品则加收10%的进口关税。吉尔吉斯斯坦对欧亚经济联盟其他成员实行特殊的关税优惠。即：对原产地为该组织成员国的进口商品免征海关税；增值税实行目的地征收制度。
(http://cbd.minjust.gov.kg/act/view/ru-ru/202445)
2016年1月起，欧盟给予吉尔吉斯斯坦普惠制待遇。
2018年1月1日，欧亚经济联盟海关法典生效，新的法典生效后，联盟内成员国间通关手续简化，通关条件放宽，通关成本降低。
吉尔吉斯斯坦进口税目按产品分类税率
(https://www.wto.org/english/res_e/statis_e/daily_update_e/tariff_profiles/KG_e.pdf)
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